В соответствии со ст. 28 Гражданского процессуального кодекса Российской Федерации:
Иск предъявляется в суд по месту жительства ответчика. Иск к организации предъявляется в суд по месту нахождения организации.
Таким образом, в суд необходимо подавать исковое заявление по месту нахождения военного комиссариата, на учете которого Вы состоите (даже при временной регистрации), и который вынес в отношении Вас решение.