Здравствуйте.
В соответствии с ТК РФ, на должность помощника машиниста, машиниста и пр., что не связано с военной службой, берут не по категории годности в военном билете. Да, обратное могут говорить в отделе кадров и кто-то ещё из юридически некомпетентных сотрудников той организации, куда вы собираетесь устраиваться на работу. Но их мнение законом не подтверждено. Согласно ТК РФ, при устройстве на ту или иную должность, работодатель вам даёт направление на медосвидетельствование в поликлинику для определения соответствия состояния вашего здоровья - занимаемой должности. Есть постановления и приказы, где прописаны те болезни, с какими запрещено допускать к работе на ту или иную должность. Вот в соответствии с ними, вы и будете освидетельствованы в поликлинике, независимо от того, что написано в военном билете.
Если будут ещё вопросы, то советую обратиться в соответствующие форумы в сети Интернет, так как на данном форуме не рассматриваются трудовые споры.