Можно ли обжаловать решение контрольной призывной комиссии?

В Районом прставили категорию годности В, а на контрольной говорят Б 3.

Да, это Ваше право.

Следует обращаться в суд по месту нахождения ответчика.

Статья 29 53-ФЗ, цитирую:
4. Решение призывной комиссии субъекта Российской Федерации по жалобе гражданина может быть обжаловано им в суд в установленный законодательством Российской Федерации срок со дня получения копии указанного решения. Решение призывной комиссии приостанавливается до вступления в законную силу решения суда.