Справка вместо военного билета.

На данный момент мне 29 лет. Я ни от кого не бегал. Учился в аспирантуре, правда в конечном итоге не защитился. На тот момент в законодательстве был пункт согласно которому после 4 лет аспирантуры я имел право на еще 1 год на написание и защиту диссертации (позже этот пункт был исключен). На этот последний год я в военкомате отсрочку не оформлял, хотя справку в Институте взял, но просто не было времени и необходимости идти в военкомат, меня туда никто не звал. Таким образом, до достижения 27 лет у меня были все законные основания не идти в армию. 
Получать военный билет  обратился в военный комиссариат  Петроградского района Санкт-Петербурга только сейчас. При подаче заявления в военный комиссариат мне сказали, что, где, мол, я бегал и военный билет я не получу, а вместо него мне дадут справку.
Документы еще не подал, так как отправили проходить медицинское освидетельствование.
Каким образом вести себя в таком случае подавая документы? Прикладывать ли к пакету какие-либо дополнительные документы. Или лучше требовать военный билет и ничего больше не говорить? И что делать, если в итоге мне дадут справку?
Можно ли обратиться куда-либо с превентивными мерами, чтобы мне выдали нормальный военный билет? Я работаю на государственном предприятии и так понимаю, что со справкой меня могут уволить?

Добрый день! 
Про выдачу таких справок говорится в Приказе МО № 495, который не вступил в законную силу. На сегодняшний момент военные комиссариаты руководствуются такими нормативно-правовыми источниками как Приказ МО №400 и ФЗ №53 "О воинской обязанности и военной службе", в которых момента касательно выдачи "справок" нет. Соответственно, решение о выдачи справки рекомендую обжаловать в суде. В дополнение можете обратиться в органы прокуратуры, потому как имеет место быть нарушение действующего законодательства со стороны военного комиссариата, а также  ущемление Ваших прав и законных интересов в части получения военного билета.