Не совсем понятен Ваш вопрос.
Право на обращение в суд даровано статьей 3 ГПК РФ.
Цитирую:
1. Заинтересованное лицо вправе в порядке, установленном законодательством о гражданском судопроизводстве, обратиться в суд за защитой нарушенных либо оспариваемых прав, свобод или законных интересов, в том числе с требованием о присуждении ему компенсации за нарушение права на судопроизводство в разумный срок или права на исполнение судебного постановления в разумный срок.
2. Отказ от права на обращение в суд недействителен.
То есть у Вас есть право обратиться в суд, но не обязанность.
В случае, если в отношении Вас призывная комиссия вынесла решение, с которым Вы не согласны. То отказ от обжалования действий призывной комиссии - приведет к тому, что решение призывной комиссии будет реализовано.
Никаких других ограничений при отказе от реализации своего права обжаловать решение призывной комиссии не возникает.