Здравствуйте.
Если вы где-то стоите на воинском учёте, то обязанность встать на учёт и сняться с него, стоит на вас. Таким образом, если вы хотите встать на воинский учёт там, где вы постоянно зарегистрированы или временно зарегистрированы на срок более 3 месяцев, то вам нужно сняться с воинского учёта по письменному заявлению в том военкомате,где вы состотите на учёте и встать по письменному заявлению в тот военкомат, в который вы обязаны встать на учёт (по месту вашей постоянной или временной (на срок более 3 месяцев) регистрации.
Так как вы утеряли "удостоверение гражданина, подлежащего призыву на военную службу", то вам необходимо написать заявление о выдаче вам взамен утерянного документа, нового документа воинского учёта.
ФЗ №53
Статья 10. Обязанности граждан по воинскому учету
1. В целях обеспечения воинского учета граждане обязаны:
явиться в двухнедельный срок в военный комиссариат для постановки на воинский учет, снятия с воинского учета и внесения изменений в документы воинского учета при переезде на новое место жительства, расположенное за пределами территории муниципального образования, место пребывания на срок более трех месяцев либо выезде из Российской Федерации на срок более шести месяцев или въезде в Российскую Федерацию;
(в ред. Федерального закона от 09.03.2010 N 27-ФЗ)
бережно хранить военный билет (временное удостоверение, выданное взамен военного билета), а также удостоверение гражданина, подлежащего призыву на военную службу. В случае утраты указанных документов в двухнедельный срок обратиться в военный комиссариат либо в соответствующий орган местного самоуправления поселения или соответствующий орган местного самоуправления городского округа, осуществляющий первичный воинский учет, для решения вопроса о получении документов взамен утраченных.
(в ред. Федеральных законов от 03.12.2008 N 248-ФЗ, от 09.03.2010 N 27-ФЗ)
Если вы в течении 2 недель с момента утраты документа воинского учёта, не обратитесь в военкомат, то вас ждёт штраф за неисполнение вами обязанности по воинскому учёту - штраф 100-500 рублей. Если также утрата произошла из-за вашего небрежного хранения или умышленно, то предупреждение или штраф от 100-500 рублей.
Во время действующей отсрочки вас не могут беспокоить повестками на призывные мероприятия, только повестками вида "для уточнения документов воинского учёта", "об уточнении данных воинского учёта" и прочее. Призывную комиссию вы проходить не обязаны опять же по причине того, что у вас уже есть отсрочка и во время действия отсрочки вас не могут беспокоить по мероприятиям призывного характера. Поэтому вам проще сделать документ воинского учёта в том военкомате, где вы состоите на учёте, а потом сняться с учёта и встать на учёт в другой военкомат, если это вам жизненно необходимо.
ФЗ №53
Раздел IV. ПРИЗЫВ ГРАЖДАН НА ВОЕННУЮ СЛУЖБУ
Статья 22. Граждане, подлежащие призыву на военную службу
2. На военную службу не призываются граждане, которые в соответствии с настоящим Федеральным законом освобождены от исполнения воинской обязанности, призыва на военную службу, граждане, которым предоставлена отсрочка от призыва на военную службу, а также граждане, не подлежащие призыву на военную службу.
Но если вы заканчиваете магистратуру ранее, чем заканчивается весенний призыв (1 апреля-15 июля), то вас начнут беспокоить повестками призывного характера сразу после даты, по которой вам прошлый раз дала ПК отсрочку по магистратуре.
ФЗ №53
Статья 31. Обязанности граждан, подлежащих призыву на военную службу
1. Граждане, не пребывающие в запасе, подлежащие призыву на военную службу, обязаны явиться в указанные в повестке военного комиссариата время и место на медицинское освидетельствование, заседание призывной комиссии или для отправки в воинскую часть для прохождения военной службы, а также находиться в военном комиссариате до начала военной службы.
(в ред. Федеральных законов от 17.10.2005 N 130-ФЗ, от 09.03.2010 N 27-ФЗ)
И чтобы получить отсрочку до даты окончания каникул, вам необходимо будет пройти ПК и предоставить справку о предоставлении вам каникул, чтобы ПК могло вынести решение об отсрочке до даты приказа об отчислении с учётом этих каникул. Но скорее всего придётся судиться, так как ПК часто игнорирует предоставление отсрочки по каникулам.
Если вы после снятия с учёта не встанете на учёт в другом военкомате, то вам кроме штрафа ничего не будет. Но можете встать там на учёт и тогда штрафа не будет.