lawliet,
Здравствуйте.
Раз военкомат вас не беспокоил всё это время повестками, то значит там всё ещё действует ваша отсрочка по обучению в ВУЗе. Соответственно, раз сейчас вы уже зачислены на магистратуру, то вас вызовут повесткой в военкомат и там предоставят вам отсрочку по обучению в магистратуре, после того как вы предоставите справку из вашего учебного заведения, что вы зачислены на магистратуру..
ФЗ №53
Статья 24. Отсрочка от призыва граждан на военную службу
...
2. Право на отсрочку от призыва на военную службу имеют граждане:
...
а) обучающиеся по очной форме обучения в:
...
образовательных организациях и научных организациях по имеющим государственную аккредитацию:
(абзац 7) программам бакалавриата, если указанные обучающиеся не имеют диплома бакалавра, диплома специалиста или диплома магистра, - в период освоения указанных образовательных программ, но не свыше установленных федеральными государственными образовательными стандартами, образовательными стандартами сроков получения высшего образования по программам бакалавриата;
...
(абзац 9) программам магистратуры, если указанные обучающиеся не имеют диплома специалиста или диплома магистра и поступили на обучение по программам магистратуры в год получения высшего образования по программам бакалавриата, - в период освоения указанных образовательных программ, но не свыше установленных федеральными государственными образовательными стандартами, образовательными стандартами сроков получения высшего образования по программам магистратуры.
Предусмотренная настоящим подпунктом отсрочка от призыва на военную службу предоставляется гражданину только один раз, за исключением одного из случаев, если:
...
первая отсрочка от призыва на военную службу была предоставлена гражданину в соответствии с абзацем седьмым настоящего подпункта, гражданин повторно может воспользоваться правом на отсрочку от призыва на военную службу в соответствии с абзацем девятым настоящего подпункта.
Право на предусмотренную настоящим подпунктом отсрочку от призыва на военную службу сохраняется за гражданином:
...
восстановившимся в той же образовательной организации (за исключением граждан, восстановившихся в образовательных организациях после отчисления по инициативе образовательной организации), если срок, на который гражданину была предоставлена отсрочка от призыва на военную службу для обучения в данной образовательной организации, не увеличивается;
(пп. "а" в ред. Федерального закона от 02.07.2013 N 185-ФЗ)
...